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Bioinformatik

Zusätzlich zur Sequenzierung bieten wir optional auch eine bioinformatische Auswertung bzw. Begleitung Ihrer Projekte an.

Standard-Analysen

Zu unseren Standard-Analysen zählen

  • De-Novo Assemblierung kleinerer Genome
  • Resequencing-Analysen
  • 16S Microbiom-Analysen
  • vergleichende Transkriptomanalysen
  • Exom-Analysen

Projektspezifische Analysen

Darüber hinaus sind natürlich weitere projektspezifische Analysen möglich, so haben wir in der Vergangenheit beispielsweise Qualitäts-Analysen von Antikörper-Libraries, viralen Quasispezies oder Resistenzentwicklungen erstellt.

Projektergebnisse können sowohl in den Standardformaten (fastQ, fastA, csv, sam/bam, vcf), wie auch anderen Formaten oder grafischen Darstellungen nach Absprache erstellt werden.

Ein Auszug der verwendeten Methoden und Programme:

  • Mapping: bwa, bowtie, samtools
  • Assembly: newbler, mira
  • RNAseq: tophat, cufflinks
  • Statistik: R
  • Qualitätskontrolle: fastqc, fastx